נמצא בשכונת זכרון יוסף ברחוב הירקון (בראשי) 29.
גם בית הכנסת יחזקאל הנביא, כמו בית הכנסת עזרא הסופר  נקרא בשם בית כנסת קדום שהיה בעמדיה, והעולים משם הנציחו אותו בשמו של בית הכנסת בירושלים.  הוא הוקם בשנת 1921 ושופץ בשנת 1992.  בית הכנסת בעיצובו החדש נבנה לפי רעיונותיו של הרב יצחק עמדי ועל הביצוע הופקדה האמנית זהבה בנימין.  בקדמת הבימה יש שלשה כתרים – כתר תורה,כתר כהונה וכתר מלוכה.  על ארון הקודש כתובים 12 צירופים של אותיות שם ה' על פי הקבלה מותאמים ל – 12 חדשי השנה.  משני צידי הארון נמצאים סמלי השבטים.
למעשה אין כיום מי שיתפלל בבית הכנסת המפואר לפי נוסח עמדיה . מה גם שמעברו של הכביש נמצא בית כנסת אחר של עולי קורדיסטן, ולכן נמסר המקום לחסידי חב"ד והם משתמשים בו כבית תפילה ולימוד.