נמצא בשכונת מחנה יהודה ברחוב נבון 10.
הרב יהודה פתיה נולד בבגדד וכשהתבגר הפך לאחד מגדולי המקובלים. הוא מנודע כאיש ניסים ורבים שיחרו לפתחו.  בשנת 1905 עלה ארצה אבל במהרה חזר לבגדד ממנה עלה שוב בשנת 1923 ושוב חזר ורק בשנת 1934 עלה סופית ארצה ושהה בה עד לפטירתו בשנת 1942.  כאשר היה חשש במלחמת העולם השניה שרומל יגיע ארצה נזעק הרב פתיה ובעזרת מקובלים נוספים שאירגן התפלל למניעת הגזירה, התפלל בקברי צדיקים ואף שכר מסוק בו טס מעל הארץ והתפלל כדי למנוע מהמזיקים לבוא אליה.  תלמידיו משוכנעים כי מי שמנע את בואו של רומל לארץ לא היה מונטגומרי אלא הרב פתיה.  לאחר מותו יזם בנו – הרב שאול פתיה הקמת בית כנסת וישיבה, ואכן בית הכנסת נחנך בשנת 1945 במעמד רבנים, אישים וקהל רב.  בשנת 1949 עבר בית הכנסת למקומו הנוכחי ברחוב נבון.  בית הכנסת הורחב פעמיים ובפעם השניה זה היה בשנת 1965.
על ההרחבה השניה מסופר המעשה הבא:  כאשר החליטו להרחיב את בית הכנסת התקשרו עם קבלן וקבעו מחיר, אבל לפני תחילת העבודה הקבלן התחרט והעלה את המחיר בטענה שבמקום יש סלעים כבדים שיקשו על העבודה ולכן המחיר יעלה.  המתפללים קבעו להגיע איתו לדין תורה אבל ביום המיועד הוא לא התיצב.  כאשר באו לחפשו באתר הבניה ראו אותו מאד נבוך וכששאלו מדוע ענה שבלילה בחלום הגיע אליו אדם מבוגר תלמיד חכם, והבטיח לו שהוא יעזור לו בנושא הסלעים וכשבא בבוקר לאתר ראה שהסלעים הוסרו.  אז הראו לו המתפללים את תמונת הרב פתיה ושאלו אותו אם הוא מכיר אותו.  ענה הקבלן שאכן זה הזקן שבא אליו בחלומו.
בשנת 1952 הקימו עולי בבל ישיבה חדשה שבסופו של דבר התמקמה בבית הכנסת מנחת יהודה.  ישיבה זו פועלת שם עד היום הזה.
במקום מתקיימים אירועים מיוחדים לאורך השנה אליהם מגיעים הרבה אנשים, כמו הילולות של רבנים חשובים ובהם הרב פתיה, ימי לימוד מיוחדים וכד'.  הרב מרדכי אליהו היה נשיא בית הכנסת והרבה לדרוש בשבתות "מברכין" וגם בשבתות אלה המה בית הכנסת מקהל רב.
בית הכנסת פעיל ביותר עד ימינו אנו וביחוד בשבתות ובמיוחד בשבת בצהרים (11:30) אז מגיעים אליו ילדים רבים לאמירת תהילים ולימוד בפרשת השבוע.